Zomrela veľmi mladá. Hoci aj v stredoveku bola smrť neodmysliteľnou súčasťou života, takto sa bežne nezomieralo ani vtedy.
Trpela dobrovoľne. Týrala sa doslova nemilosrdne. Šľahala sa až do bezvedomia, nosila v odeve kamene a tŕne.
Margita bola kráľovskou dcérou, ale rozhodla sa zomrieť v kláštore.
Stalo sa tak 18. januára 1270 a odvtedy sa každoročne v tento deň slávi jej sviatok.
Ibaže jej ostatky sa nachádzajú na dodnes neznámom mieste.
Abatiša v podzemí
Klarisky mali kláštor zanedlho opustiť, všetky podrobnosti vedela matka predstavená. Bol rok 1782 a ich kláštor rušili tak ako ostatné rehole v celej monarchii dekrétom cisára Jozefa II.
K bratislavskému kláštoru klarisiek patril aj starý gotický Kostol povýšenia svätého Kríža. Ten, ktorý ľudovo volajú kostol klarisiek.
Abatiša vedela, že pred opustením kláštora sa musí postarať o najcennejší poklad rehole. Išlo o ostatky kráľovskej dcéry Margity Uhorskej, v dávnom stredoveku takisto mníšky, blahorečenej pápežom.
Od princezninej smrti mali jej ostatky až dosiaľ kľukatý a strastiplný osud. Mníšky ich najprv zo strachu pred Turkami odniesli z Budína do Varadína, počas ďalšej vojny s Turkami ich preniesli do Trnavy. Stade ich napokon priniesli so sebou do Prešporka.
Vzácne relikvie opatrované po stáročia sa nesmeli dostať do cudzích rúk.
Abatiša zišla do podzemia kláštora. V tmavých tichých kryptách nebola sama. Murárovi nakázala zamurovať schránku s kosťami.